La palabra Ometepec proviene del náhuatl, que se deriva de los vocablos,  ome-dos y tepetl – cerro que significa “lugar entre dos cerros”.

En 1786 se implantó el régimen de intendencias, que vino a sustituir a las alcaldías, las cuales se convirtieron en partidos, perteneciendo Ometepec a Igualapa que a su vez dependía de la intendencia de Puebla.

Siglo XIX

En 1821, al consumarse la Independencia; Agustín de Iturbide creó la Capitanía General del Sur, perteneciendo Ometepec a ella, dicha Capitanía estaba a cargo de don Vicente Guerrero, el cuartel general primero se encontraba en Chilapa y finalmente se asentó en Tixtla.

Al establecerse la República federal en 1824, Ometepec pertenecía al estado de Puebla y al distrito de Tlapa, del mismo estado.

En 1850 se constituyó como municipio, siendo uno de los 38 que conforman el estado, al ser eregido este.